Основной целью Программы по управлению государственными границами в Центральной Азии является обеспечение постепенного внедрения современных методов управления государственными границами в Центральной Азии. Перед современным управлением границ стоят две равные по значимости задачи: 

• Обеспечение целостности границ
• Облегчение легальной торговли и транзита

Для достижения этих двух целей программы применяются интегрированные методы управления границ в европейском стиле.  Методы опираются на три основных принципа: внутриведомственная координация действий, межведомственное сотрудничество и международное сотрудничество.  Стратегия Программы ВОМСА  по внедрению принципов и методов менеджмента границ в Центральной Азии включает в себя три компонента: 

• Рекомендации для выработки политики; юридическая и институциональная реформа: В рамках программы ВОМСА сформировано три комиссии из разных министерств и межведомственные рабочие группы во всех странах Центральной Азии, которые предлагают законодателям свои варианты возможности использования международных принципов  управления границами,  и которые инициируют правовые и регулятивные реформы в стране, необходимые для узаконивания применение международных принципов в управлении границами.  
  
  
• Укрепление государственной базы обучения: ВОМСА обновляет и обеспечивает оборудованием тренировочные центры приграничных служб во всех странах Центральной Азии, внедряя международные принципы управления границами в учебные планы и создавая условия для обучения.  При этом применяется такой подход как «обучить обучающего», вобравший в себя все лучшее, что есть в арсенале Европейских специалистов.