Однако, не смотря не все эти меры, в Кыргызстане существует ряд экологических проблема, которые происходят во всем мире в основном из-за неправильного управления природными ресурсами, нерациональным и неэффективным природопользованием, особенно лесов, пастбищ и водных ресурсов. Сорок процентов пахотных земель Кыргызстана истощены, размыты, выветрились, засолены или заболочены. Сочетание всех этих проблем привело к ухудшению природных экосистем и уменьшению популяций видов животного мира важных для экономики страны.
В 2005 году ПРООН впервые начала реализацию своей пятилетней Программы по окружающей среде; с этой целью в государственные программы и стратегии включались принципы экологически рационального развития. Эта деятельность продолжается и сегодня: ПРООН помогает Национальному совету по стратегическому развитию Кыргызстана включать вопросы экологии в экономические и социальные стратегии развития.
ПРООН также работает над повышением институциональных возможностей с целью создания благоприятных условий для организаторов общего дела и использования в проектах по охране окружающей среды ресурсов Глобальной Программы Защиты Окружающей Среды, а также ресурсов других доноров.
Поскольку ПРООН является организацией, которая использует практику комплексного подхода к решению задач, она поощряет межведомственное сотрудничество, помогает развивать партнерские отношения и поддерживает гражданское общество в стремлении участвовать в управлении окружающей среды и в процессах принятия решений по вопросам окружающей среды. Такие инициативы подразумевают хорошую осведомленность с помощью средств массовой информации и участников гражданского общества. Кроме того, ПРООН поощряет мобилизацию ресурсов посредством создания условий и разработки механизмов и инструментов для выполнения природоохранной политики. ПРООН также поддерживает усовершенствование юридической базы по охране окружающей среды, в которых учитываются положения международных соглашений, конвенций и договоров, подписанных Кыргызской Республикой.
Признавая роль гражданского общества в национальном диалоге и обмене информацией, ПРООН поддерживает участие гражданского общества в выполнении национальных и региональных планов действий по защите окружающей среды и стратегий устойчивого развития с помощью Информационной cети Центральной Азии и России, которая дает возможность обмениваться информацией и опытом в режиме он-лайн.
ПРООН помогает правительству иметь доступ к финансовым ресурсам, предназначенным для природоохранных проектов, путем реструктуризации внешнего долга страны, применяя новые финансовые схемы, такие как механизм Обмена долга на устойчивое развитие и Механизм экологически чистого развития по Протоколу Киото.
В 2006 году ПРООН вместе с Государственным агентством по защите окружающей среды и лесного хозяйства провели оценку окружающей среды Кыргызстана для выработки Стратегии совместной донорской помощи стране. При проведении оценки было выявлено изменение подхода доноров к показателям защиты окружающей среды при оказании помощи в развитии страны. Впервые в своей стратегии доноры смогли принять во внимание взаимозависимость природоохранных и социально-экономических проблем. Эта аналитическая работа будет служить не только повышению результативности оказанной помощи благодаря скоординированным действиям на территории всей страны, но также поможет мобилизовать больше ресурсов действующих и потенциальных доноров для дальнейшего развития страны.