Цель Программы БОМКА - заложить основу системы комплексного управления границами, способствовать обеспечению пограничной безопасности и эффективного контроля фукциональных обязанностей пограничников в пунктах пропуска, а также обеспечение легального транзита граждан и торговли.

 Программа БОМКА 6 в Кыргызской Республике состоит из 3 проектов:
1. Институциональная реформа;
2. Укрепление потенциала обучения в ЦА;
3. Укрепление инфраструктурного потенциала на торговых маршрутах и  транзитных коридорах ЦА.

В рамках реализации программы БОМКА 6 исполняются следующие мероприятия:
- оказывается содействие Национальному координационному центру в подготвке Стратегии и Плана действий по внедрению Комплексного управления государственной границей (КУГГ) в Кыргызской Республике;
- тренинги по КУГГ;
- специализированные тренинги;
- Подготовка местных тренеров;
- курсы подготовки кинологов;
- совместные семинары контролирующих органов на границе Кыргызстана и Казахстана, Кыргызстана и Таджикистана;
- ознакомительные поездки в Европейские страны;
- строительство общежития и столового Центра повышения квалификации Государственной пограничной службы и оснащение его оборудованием;
- строительство межведомственного кинологического центра на базе Государственной таможенной службы.